*** The following text is out-of-date.***
For the latest news about COVID-19, please open the COVID Reference homepage .
< < < Trang chủ
Vui lòng tìm hình minh họa trong bản PDF không tính tiền .
Nội dung vẫn đang được update. Tác giả sẽ được bật mý sớm .
Virus Corona rất thông dụng ở cả người và động vật hoang dã. Virus có vỏ bọc ( enveloped virus ) này gồm một sợi RNA dương bản ( + ). Hầu hết những virus hoàn hảo có hình cầu với những protein gai ( spike glycoprotein, còn gọi là S protein ) gắn trên vỏ ngoài. Ngoài ra, virus còn có những protein cấu trúc khác gồm có protein Envelope ( E ), Matrix ( M ) và Nucleocapsid ( N ) .
Họ Coranaviridae gồm có 4 chi ( genera ), alpha -, beta -, delta – và gammacoronavirus, cũng như một vài phân chi ( subgenera ) và loài ( species ). Những nghiên cứu và phân tích về phát sinh chủng loại học ( phylogenetic analysis ) trên bộ gen của virus Corona cho thấy SARS-CoV-2 là thành viên mới của chi betacoronavirus. Chi này cũng gồm có virus Corona gây nên Hội chứng hô hấp cấp tính nặng ( Severe Acute Respiratory Syndrome-related coronavirus – SARS-CoV ), virus gây Hội chứng hô hấp cấp Trung Đông ( Middle East Respiratory Syndrome-related coronavirus – MERS-CoV ), Hội chứng hô hấp cấp tính nặng từ dơi ( bat SARS-related coronaviruses – SARSr-CoV ), cũng như những loài virus khác đã được tìm thấy ở người và ở nhiều loài động vật hoang dã phong phú. Việc lây truyền virus Corona trong cùng loài động vật hoang dã và giữa những loài khác nhau cùng với sự tái tổng hợp di truyền góp thêm phần vào sự Open của những chủng virus Corona mới .
SARS-CoV-2 có tương quan về mặt phân loại với phân chi Sarbecovirus cùng với SARS-CoV và virus Corona tựa như SARS có nguồn gốc từ dơi ( bat SARS-like-CoV ). Kết quả giải trình tự bộ gen cho thấy rằng SAR-CoV-2 có chuỗi gen gần giống với betacoronavirus được phát hiện ở dơi, nhưng độc lạ với SARS-CoV. Các phần sau gồm có những tài liệu chính về những chủ đề quan trọng .
Phân loại virus
Vui lòng xem qua phần phản hồi của những nghiên cứu và điều tra này .
Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol. 2020 Apr;5(4):536-544. PubMed: https://pubmed.gov/32123347. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z
Một công bố đồng thuận xác lập phân loại SARS-CoV-2 ( từng được gọi trong thời điểm tạm thời là 2019 – nCoV ) vào họ Coronaviridae .
Ceraolo C, Giorgi FM. Genomic variance of the 2019-nCoV coronavirus. J Med Virol. 2020 May;92(5):522-528. PubMed: https://pubmed.gov/32027036. Full-text: https://doi.org/10.1002/jmv.25700
Phân tích 56 trình tự gen của virus SARS-CoV-2 phân lập từ những bệnh nhân khác nhau cho thấy trình tự gen của chúng có sự tương đương cao ( > 99 % ). Một vài vùng có biến đổi gen, đa phần ở locus ORF8 ( mã hóa cho proteins phụ )
Zhou P, Yang XL, Wang XG, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020 Mar;579(7798):270-273. PubMed: https://pubmed.gov/32015507. Fulltext: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7
Trình tự gen hoàn hảo của SARS-CoV-2 từ 5 bệnh nhân ở quy trình tiến độ sớm của dịch bệnh chỉ ra rằng 79,6 % trình tự giống với SARS-CoV và 96 % giống với virus Corona ở dơi .
Biến dị di truyền
MacLean O, Orton RJ, Singer JB, et al. No evidence for distinct types in the evolution of SARS-CoV-2. Virus Evolution. Full-text: https://doi.org/10.1093/ve/veaa034
Đừng suy luận quá mức từ tài liệu về bộ gen ! Trong điều tra và nghiên cứu này, tác giả đã bàn luận về những khó khăn vất vả trong việc chứng tỏ sự sống sót của một đột biến gen nào đó của virus hay ảnh hưởng tác động thực sự của đột biến gen này lên tính năng, và lời khuyên là đừng suy luận quá mức .
Zhang X, Tan Y, Ling Y, et al. Viral and host factors related to the clinical outcome of COVID-19. Nature (2020). Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2355-0
Các biến thể virus không tác động ảnh hưởng đến tác dụng lâm sàng. Nghiên cứu quan trọng này ( thực thi trên 326 trường hợp ) đã tìm thấy tối thiểu hai dòng virus chính có lịch sử dân tộc lây nhiễm độc lạ trong quy trình tiến độ đầu của dịch bệnh ở Vũ Hán. Bệnh nhân bị nhiễm hai dòng virus khác nhau này không cho thấy có sự độc lạ đáng kể nào về những đặc thù lâm sàng, tỷ suất đột biến hoặc năng lực truyền bệnh .
Nguồn gốc và các vật chủ
Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WA, Holmes EC, Garry RF. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. Published: 17 March 2020. Fulltext: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9
Bài nhìn nhận về những đặc thù đáng quan tâm trong bộ gen của SARS-CoV-2, so sánh với chi alpha – và betacoronavirus. Những hiểu biết thâm thúy về nguồn gốc cho thấy virus này không phải là mẫu sản phẩm của phòng thí nghiệm hay bị kiểm soát và điều chỉnh cố ý bởi bàn tay con người .
Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019 Mar;17(3):181-192. PubMed: https://pubmed.gov/30531947. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9
SARS-CoV và MERS-CoV có năng lực bắt nguồn từ dơi, cả hai loài này lây nhiễm cho người trải qua những vật chủ trung gian khác nhau .
Lam TT, Shum MH, Zhu HC, et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. 2020 Mar 26. pii: 10.1038/s41586-020-2169-0. PubMed: https://pubmed.gov/32218527. Fulltext: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0
Liệu tê tê Malaysia có phải là một vật chủ trung gian ? Giải trình tự gen tích lũy từ thiên nhiên và môi trường ( metagenomic sequencing ) đã phát hiện những virus Corona lây nhiễm trên tê tê, trong đó gồm có một loài virus có sự tương đương can đảm và mạnh mẽ với SARS-CoV-2 trong miền link thụ thể ( receptor-binding domain – RBD ) trên protein S .
Xiao K, Zhai J, Feng Y, et al. Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins. Nature. 2020 May 7. PubMed: https://pubmed.gov/32380510. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2313-x
Trong một TT cứu hộ cứu nạn động vật hoang dã hoang dã, những tác giả đã tìm thấy một loại virus corona trong 25 con tê tê Malaysia ( 1 số ít bị bệnh nặng ), cho thấy 90-100 % axit amin trùng khớp với SARS-CoV-2 trong những gen khác nhau. So sánh những nghiên cứu và phân tích về bộ gen cho thấy SARS-CoV-2 hoàn toàn có thể có nguồn gốc từ sự tái tổng hợp của một loại virus tương tự như virus Corora trong tê tê với một loại virus giống CoV-RaTG13 từ dơi. Vì RBD của Pangolin-CoV gần giống hệt với SARS-CoV-2, virus trong tê tê biểu lộ mối rình rập đe dọa tiềm tàng trong tương lai so với sức khỏe thể chất hội đồng. Tê tê và dơi đều là động vật hoang dã sống về đêm, ăn côn trùng nhỏ và sống cùng nhau trong những hang hốc tự nhiên, khiến tê tê trở thành vật chủ trung gian lý tưởng. Hãy dừng kinh doanh tê tê phạm pháp !
Zhang T, Wu Q, Zhang Z. Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak. Curr Biol. 2020 Mar 13. pii: S0960-9822(20)30360-2. PubMed: https://pubmed.gov/32197085. Fulltext: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022
Nghiên cứu trên đây gợi ý rằng tê tê là loài chứa mầm bệnh tự nhiên ( natural reservoir ) của những virus Corona gần với SARS-CoV-2. Virus Corona ở tê tê ( Pangolin-CoV ) được tìm thấy lần lượt giống SAR-CoV-2 đến 91 % và giống Bat-CoV RaTG13 90,6 % .
Zhou H, Chen X, Hu T, et al. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Curr Biol. 2020 May 11. PubMed: https://pubmed.gov/32416074. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023
Một loại virus corona mới có nguồn gốc từ dơi được xác lập từ nghiên cứu và phân tích di truyền học ( metagenomics ) những mẫu tích lũy từ 227 con dơi ở tỉnh Vân Nam vào năm 2019. Đáng quan tâm, RmYN02 có tới 93,3 % nucleotide giống với SARS-CoV-2 ở bộ gen hoàn hảo và 97,2 % trong gen 1 ab, và nó là họ hàng gần nhất của SARS-CoV-2 được báo cáo giải trình cho đến nay. Tuy nhiên, RmYN02 cho thấy mức độ tương đương thấp ( 61,3 % ) trong vùng link thụ thể và hoàn toàn có thể không link với ACE2 .
Khả năng tồn tại và độ lây truyền của virus
Chin AW, Chu JT, Perera MR, et al. Stability of SARS-CoV-2 in different environmental conditions.The Lancet Microbe 2020, April 02. DOI:https://doi.org/10.1016/S2666-5247(20)30003-3. Full-text: https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(20)30003-3/fulltext
SARS-CoV-2 rất không thay đổi ở 4 °C ( lượng virus phần đông không giảm sau 14 ngày ) nhưng nhạy cảm với nhiệt ( 70 °C : bất hoạt sau 5 phút, 56 °C : 30 phút, 37 °C : 2 ngày ). Nó cũng phụ thuộc vào vào mặt phẳng : không có virus còn năng lực lây nhiễm nào trên giấy in và khăn giấy sau 3 giờ, trên gỗ đã qua giải quyết và xử lý và quần áo sau 2 ngày, thủy tinh và tiền giấy sau 4 ngày, thép không gỉ và nhựa sau 7 ngày. Đáng chú ý quan tâm, hoàn toàn có thể phát hiện virus còn năng lực lây nhiễm ( < 0,1 % lượng virus bắt đầu ) ở lớp ngoài của khẩu trang phẫu thuật sau 7 ngày .
Kim YI, Kim SG, Kim SM, et al. Infection and Rapid Transmission of SARS-CoV-2 in Ferrets. Cell Host Microbe. 2020 Apr 5. pii: S1931-3128(20)30187-6. PubMed: https://pubmed.gov/32259477. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.03.023.
Virus đã được tìm thấy trong dịch rửa mũi, nước bọt, nước tiểu của chồn lên đến 8 ngày sau khi bị nhiễm. Điều này hoàn toàn có thể đại diện thay mặt cho quy mô lây nhiễm của COVID-19 trên động vật hoang dã và hoàn toàn có thể là điều kiện kèm theo để tăng trưởng những chiêu thức điều trị và vaccine cho SARS-CoV-2 .
Leung NH, Chu Dk, Shiu EY. Respiratory virus shedding in exhaled breath and efficacy of face masks. Nature Med 2020, April 3. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0843-2
Nghiên cứu quan trọng từ Hồng Kông ( đã triển khai 2013 – năm nay ), định lượng virus trong những giọt bắn và khí dung trong hơi thở ra. Tổng cộng, 111 người tham gia ( bị nhiễm virus Corona gây cảm mùa, cúm influenza hoặc rhinovirus – cũng gây cảm mùa ) được chọn ngẫu nhiên để đeo hoặc không đeo khẩu trang y tế. Kết quả nghiên cứu và điều tra gợi ý rằng khẩu trang hoàn toàn có thể được sử dụng cho người ốm để giảm thiểu sự truyền bệnh. Virus Corona theo mùa được phát hiện trong 3/10 mẫu giọt bắn và 4/10 mẫu khí dung của những người không đeo khẩu trang, nhưng trong 0/11 mẫu giọt bắn và 0/11 mẫu khí dung của những người đeo khẩu trang. Virus cúm influenza được phát hiện trong 6/23 mẫu giọt bắn và 8/23 mẫu khí dung của những người không đeo khẩu trang, so với 1/27 mẫu giọt bắn và 6/27 mẫu khí dung của những người đeo khẩu trang. Đối với Rhinovirus, không có sự độc lạ đáng kể nào. Đáng quan tâm, ở 1 số ít người tham gia điều tra và nghiên cứu và không ho trong suốt 30 phút tích lũy mẫu, những tác giả vẫn xác lập được virus trong những mẫu thử nghiệm của những người này. Kết quả trên gợi ý rằng virus hoàn toàn có thể lây truyền qua giọt bắn và khí dung từ những cá thể không có tín hiệu hoặc triệu chứng rõ ràng .
Shi J, Wen Z, Zhong G, et al. Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and other domesticated animals to SARS-coronavirus 2. Science. 2020 Apr 8. pii: science.abb7015. PubMed: https://pubmed.gov/32269068. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb7015
SARS-CoV-2 tăng trưởng kém trên vật chủ chó, lợn, gà và vịt. Tuy nhiên, sự lây nhiễm ở chồn và mèo hoàn toàn có thể xảy ra và mèo dễ bị nhiễm virus qua đường không khí. Nhưng nếu bạn chiếm hữu một chú mèo thì cũng đừng lo ngại quá. Các thí nghiệm này được thực thi trên một số lượng nhỏ mèo được cho tiếp xúc với virus liều cao, có lẽ rằng tải lượng cao hơn so với lượng virus được tìm thấy ngoài đời thực. Hiện vẫn chưa rõ liệu mèo có tiết ra đủ virus Corona để truyền sang người hay không .
van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, et al. Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1. N Engl J Med. 2020 Mar 17. PubMed: https://pubmed.gov/32182409. Fulltext: https://doi.org/10.1056/NEJMc2004973
Khả năng sống sót của SARS-CoV-2 tựa như như SARS-CoV-1, cho thấy rằng sự độc lạ trong 2 dịch bệnh SAR-CoV-2 và SAR-CoV-1 hoàn toàn có thể là do những yếu tố khác và việc SARS-CoV-2 lây truyền thông qua những hạt khí dung và vật trung gian truyền bệnh ( fomite ) là hoàn toàn có thể. Virus hoàn toàn có thể vẫn sống sót trong những hạt khí dung trong nhiều giờ và trên những mặt phẳng nhiều ngày ( phụ thuộc vào vào việc tiệt trùng ) .
Tính hướng tế bào (Cell Tropism), Biểu hiện của ACE
Chu H, Chan JF, yuen TT, et al. Comparative tropism replication kinetics, and cell damage profiling of SARS-CoV-2 and SARS-CoV with implications forclinical manifestations, transmissibility, and laboratory studies of COVID-19. An observational study. Lancet Microbe April 21, 2020 Full-text: https://doi.org/10.1016/S2666-5247(20)30004-5
Một nghiên cứu và điều tra được triển khai khôn khéo đã lý giải những đặc thù lâm sàng độc lạ của COVID-19 và SARS. Khảo sát năng lực nhiễm virus của tế bào, tính hướng loài ( species tropism ), động lực của vòng đời virus và tổn thương tế bào do virus gây ra từ cả hai loài virus SARS-CoV, sử dụng virus có năng lực lây nhiễm. SARS-CoV-2 sao chép hiệu suất cao hơn trong những tế bào phổi của người, điều này cho thấy SARS-CoV-2 có năng lực thích nghi tốt hơn với loài người. SARS-CoV-2 sao chép ít hơn đáng kể trong những tế bào ruột ( hoàn toàn có thể lý giải cho tần suất tiêu chảy ít hơn so với SARS ) nhưng tốt hơn trong những tế bào thần kinh, làm điển hình nổi bật năng lực gây ra những bộc lộ thần kinh của virus SARS-CoV-2 .
Hou YJ, Okuda K, Edwards CE, et al. SARS-CoV-2 Reverse Genetics Reveals a Variable Infection Gradient in the Respiratory Tract. Cell, May 26, 2020. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.042
Nghiên cứu này đã định lượng sự độc lạ trong mức độ bộc lộ thụ thể ACE2 và năng lực nhiễm trùng SARS-CoV-2 ở mũi ( cao ) so với phổi ngoại vi ( thấp ). Nếu khoang mũi là vị trí bắt đầu làm trung gian cho sự lây nhiễm virus đến phổi trải qua việc thở, những nghiên cứu và điều tra này phân phối chứng cứ ủng hộ việc sử dụng thoáng rộng khẩu trang để ngăn khí dung, giọt bắn lớn và / hoặc tiếp xúc cơ học với đường mũi .
Hui KPY, Cheung MC, Perera RAPM, et al. Tropism, replication competence, and innate immune responses of the coronavirus SARS-CoV-2 in human respiratory tract and conjunctiva: an analysis in ex-vivo and in-vitro cultures. Lancet Respir Med. 2020 May 7. PubMed: https://pubmed.gov/32386571. Full-text: https://doi.org/10.1016/S2213-2600(20)30193-4
Cung cấp những hiểu biết sâu hơn về năng lực lây truyền và sinh bệnh học. Sử dụng giải pháp nuôi cấy ngoài khung hình sống, những tác giả đã nhìn nhận tính hướng mô và tế bào của SARS-CoV-2 trong đường hô hấp của con người và kết mạc so với những virus corona khác. Ở phế quản và trong kết mạc, năng lực sao chép của SARS-CoV-2 cao hơn SARS-CoV. Trong phổi, năng lực này tựa như như SARS-CoV nhưng thấp hơn MERS-CoV .
Shang J, Ye G, Shi K. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature 2020, March 30. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2179-y.
SARS-CoV-2 nhận diện hACE2 tốt hơn những virus corona khác như thế nào ? So với SARS-CoV và RaTG13 ( được phân lập từ dơi ), ái lực gắn với ACE2 của SARS-CoV-2 cao hơn. Các epitopes có tính năng quan trọng trong SARS-CoV-2 RBM được miêu tả có năng lực bị nhắm trúng đích bằng kháng thể trung hòa .
Sungnak W, Huang N, Bécavin C,et al. SARS-CoV-2 entry factors are highly expressed in nasal epithelial cells together with innate immune genes. Nature Medicine, Published: 23 April 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6
Một bài báo khác xác nhận sự biểu lộ của ACE2 trong nhiều mô từngđược đề cập trong những nghiên cứu và điều tra trước đây ( bổ trợ thêm thông tin về những mô chưa được nghiên cứu và điều tra, gồm có biểu mô mũi, giác mạc ) và sự đồng biểu lộ của nó với TMPRSS2. Tính hướng tiềm năng được nghiên cứu và phân tích bằng cách khảo sát biểu lộ của những gen tương quan đến quy trình xâm nhập của virus, sử dụng tài liệu giải trình tự RNA đơn bào từ nhiều mô của những tình nguyện viên khỏe mạnh. Những bản phiên mã này được tìm thấy trong những tế bào biểu mô đường hô hấp, giác mạc và đặc biệt quan trọng là ruột, có năng lực lý giải năng lực lây truyền cao của SARS-CoV-2 .
Wang X, Xu W, Hu G, et al. SARS-CoV-2 infects T lymphocytes through its spike protein-mediated membrane fusion. Cell Mol Immunol. 2020 Apr 7. pii: 10.1038/s41423-020-0424-9. PubMed: https://pubmed.gov/32265513. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41423-020-0424-9
Hiện vẫn chưa rõ liệu rằng SARS-CoV-2 cũng hoàn toàn có thể lây nhiễm cả những tế bào T, dẫn đến giảm bạch cầu lympho. Sử dụng một quy mô với pseudovirus ( giả virus ), những tác giả cho thấy SARS-CoV-2 lây nhiễm ( nhưng không nhân lên ) trong những tế bào T trải qua phản ứng hòa màng điều hòa bởi protein S. Các dòng tế bào T nhạy cảm với SARS-CoV-2 hơn nhiều so với SARS-CoV. Đáng chú ý quan tâm, hACE2 có mức bộc lộ thấp trên tế bào T, cho thấy rằng hoàn toàn có thể một thụ thể khác đóng vai trò trung gian để SARS-CoV-2 nhiễm vào những tế bào T .
Protein gai (protein Spike)
Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E. The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade. Antiviral Res. 2020 Apr;176:104742. PubMed: https://pubmed.gov/32057769. Fulltext: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2020.104742
Phát hiện một vị trí hoàn toàn có thể được phân cắt bởi enzyme giống furin trong protein gai của SARS-CoV-2 nhưng không có trong những virus Corona tựa như SARS khác ; mang lại tiềm năng trong việc tăng trưởng những thuốc kháng virus .
Watanabe Y, Allen JD, Wrapp D, McLellan JS, Crispin M. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike. Science. 2020 May 4. PubMed: https://pubmed.gov/32366695. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb9983
Bề mặt của protein gai trên vỏ bọc của virus bị bao trùm bởi glycans có nguồn gốc từ vật chủ. Những glycans này tạo điều kiện kèm theo để virus lẩn trốn hệ miễn dịch bằng cách che chắn những epitope khỏi sự nhận diện bởikháng thể. Gen mã hóa protein S của SARS-CoV-2 S mã hóa 22 chuỗi peptide hoàn toàn có thể gắn glycan bằng link N trên mỗi vùng gen khởi động. Sử dụng cách tiếp cận bằng khối phổ tại mỗi vùng đơn cử, những tác giả cho thấy những cấu trúc glycan này có trên một loại kháng nguyên tái tổng hợp chứa protein S của virus SARS-CoV-2 .
Liên kết với ACE
Lan J, Ge J, Yu J, et al. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. Published: 30 March 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2180-5
Để làm sáng tỏ sự tương tác giữa RBD của SAR-CoV-2 và ACE2 ở độ phân giải cao hơn, tác giả sử dụng tinh thể học tia X (X-ray crystallography). Cách thức liên kết của SARS-CoV-2 với ACE2 rất giống với SARS-CoV, chứng minh cho sự tiến hóa hội tụ của hai loại virus. Các epitope trên hai kháng thể của SARS-CoV nhắm vào RBD cũng được phân tích với RBD của SARS-CoV-2, cung cấp những hiểu biết sâu sắc về việc xác định các kháng thể phản ứng chéo trong tương lai.
Wang Q, Zhang Y, Wu L, et al. Structural and Functional Basis of SARS-CoV-2 Entry by Using Human ACE2. Cell. 2020 Apr 7. pii: S0092-8674(20)30338-X. PubMed: https://pubmed.gov/32275855. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.045
Cấu trúc tinh thể miền C-terminal của protein S của SARS-CoV-2 trong phức tạp với ACE2 của người được trình diễn trong bài báo. Cách thức link hACE2 của SARS-CoV-2 có vẻ như tựa như như SARS-CoV, nhưng sự thay thế sửa chữa một vài axit amin quan trọng đã làm tăng nhẹ tương tác và dẫn đến ái lực so với thụ thể cao hơn. Các thí nghiệm trên kháng thể chỉ ra sự độc lạ đáng chú ý quan tâm giữa SARS-CoV và SARS-CoV-2 về tính kháng nguyên .
Yan R, Zhang Y, Li Y, Xia L, Guo Y, Zhou Q. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. Science. 2020 Mar 27;367(6485):1444-1448. PubMed: https://pubmed.gov/32132184. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb2762
Sử dụng kính hiển vi điện tử nhiệt độ thấp ( cryo-electron microscopy ) để cho thấy phương pháp SARS-CoV-2 gắn vào tế bào của con người. Khi virus xâm nhập, tiên phong chúng gắn protein S của chúng với thụ thể ACE2 ( angiotensin-converting enzyme 2 ) của người. Tác giả đã trình diễn cấu trúc của ACE2 ở người trong một phức tạp với protein màng tế bào mà nó tương hỗ – B0AT1 – phân phối cơ sở cho sự tăng trưởng của phương pháp trị liệu nhắm vào sự tương tác quan trọng giữa protein S và thụ thể ACE2 này .
Sự xâm nhập tế bào
Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, et al. SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell. 2020 Mar 4. pii: S0092-8674(20)30229-4. PubMed: https://pubmed.gov/32142651. Fulltext: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052
Nghiên cứu này chỉ ra sự xâm nhập của virus xảy ra như thế nào. SARS-CoV-2 sử dụng thụ thể ACE2 – giống như SARS-CoV – để xâm nhập tế bào và TMPRSS2 protease huyết thanh để mồi protein S. Thêm vào đó, huyết thanh từ bệnh nhân SARS đã khỏi bệnh hoàn toàn có thể trung hòa chéo sự xâm nhập vào tế bào bằng con đường protein S của virus SARS-CoV-2 .
Letko M, Marzi A, Munster V. Functional assessment of cell entry and recep- tor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses. Nat Microbiol. 2020 Apr;5(4):562-569. PubMed: https://pubmed.gov/32094589. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0688-y
Nghiên cứu quan trọng về sự xâm nhập của virus, sử dụng một nền tảng nhanh gọn và kinh tế tài chính được cho phép kiểm tra công dụng một nhóm lớn những virus từ động vật hoang dã có tiềm năng gây bệnh cho người. Giai đoạn protein của virus được giải quyết và xử lý bằng protease của tế bào vật chủ trong quy trình xâm nhập là một rào cản đáng kể so với một số ít virus dòng B. Tuy nhiên, một số ít virus corona đã vượt qua được rào cản này và xâm nhập vào tế bào người trải qua một loại thụ thể chưa xác lập được .
Ou X, Liu Y, Lei X, et al. Characterization of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 on virus entry and its immune cross-reactivity with SARS-CoV. Nat Commun. 2020 Mar 27;11(1):1620. PubMed: https://pubmed.gov/32221306. Fulltext: https://doi.org/10.1038/s41467-020-15562-9
tin tức thêm về sự xâm nhập của virus và năng lực trung hòa chéo ( khá hạn chế ) giữa SARS-CoV và SARS-CoV-2 .
Yuan M, Wu NC, Zhu X, et al. A highly conserved cryptic epitope in the receptor-binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Science. 2020 Apr 3. pii: science.abb7269. PubMed: https://pubmed.gov/32245784. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb7269
Những hiểu biết cụ thể về cách kháng thể nhận dạng virus và cách SARS-CoV-2 hoàn toàn có thể bị nhận diện bởi miễn dịch thể dịch, miêu tả một epitope ít biến hóa mà cả SARS-CoV và SARS-CoV-2 đều có. Epitope này hoàn toàn có thể được tận dụng trong tăng trưởng vaccine và những kháng thể bảo vệ chéo .
Zhang L, Lin D, Sun X, et al. Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved alpha-ketoamide inhibitors. Science. 2020 Mar 20. PubMed: https://pubmed.gov/32198291. Fulltext: https://doi.org/10.1126/science.abb3405
Cấu trúc tinh thể tia X của Protease chính ( Mpro, 3C lpro ) của SARS-CoV-2, protease này thiết yếu cho quy trình giải quyết và xử lý những polyproteins được dịch mã từ RNA của virus. Một phức tạp của Mpro và một chất ức chế α-ketoamide được tối ưu hóa cũng được diễn đạt trong điều tra và nghiên cứu .
RNA-polymerase phụ thuộc RNA (RdRp)
Gao Y, Yan L, Huang Y, et al. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus. Science. 15 May 2020: Vol. 368, Issue 6492, pp. 779-782. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abb7498
Sử dụng kính hiển vi điện tử nhiệt độ thấp, tác giả đã miêu tả cấu trúc của RdRp – RNA-dependent RNA polymerase, một enzym chủ chốt khác trong quy trình nhân lên của virus. Nghiên cứu cũng chỉ ra được cách remdesivir và sofosbuvir link với polymerase này. Các tác giả đã xác lập cấu trúc của RdRp ( được biết đến với tên gọi nsp12 ), với độ phân giảidài 2,9 angstrom, xúc tác cho sự tổng hợp RNA của virus, trong phức tạp với hai đồng yếu tố là nsp7 và nsp8 .
Hillen HS, Kokic G, Farnung L et al. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. Nature 2020. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2368-8
Cấu trúc hiển vi điện tử đông lạnh của SARS-CoV-2 RdRp ở dạng hoạt động, băt chước enzyme sao chép. Các đoạn cấu trúc mở rộng hình xoắn ốc dài trong nsp8 nhô ra dọc theo RNA đang thoát ra khỏi phức hợp RNA-RdRp, hình thành các “cực trượt” tích điện dương. Các cực trượt này có thể giải thích cho hoạt động của RdRp đã được biết đến, rất cần thiết cho sự nhân lên của bộ gen dài của virus corona. Một video cung cấp một hình ảnh động của “bộ máy nhân đôi gen”.
Động vật và mô hình động vật
Bao L, Deng W, Huang B, et al. The pathogenicity of SARS-CoV-2 in hACE2 transgenic mice. Nature. 2020 May 7. PubMed: https://pubmed.gov/32380511. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2312-y
Khả năng gây bệnh của virus SARS-CoV-2 đã được chứng tỏ ở chuột biến đổi gen mang ACE2 của người khi bị phơi nhiễm với loại virus này. Mô hình chuột trên sẽ có giá trị để nhìn nhận liệu pháp kháng virus và vaccine cũng như khám phá chính sách bệnh sinh của COVID-19 .
Chan JF, Zhang AJ, Yuan S, et al. Simulation of the clinical and pathological manifestations of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in golden Syrian hamster model: implications for disease pathogenesis and transmissibility. Clin Infect Dis. 2020 Mar 26. PubMed: https://pubmed.gov/32215622. Fulltext: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa325
Mô hình chuột bạch có sẵn được sử dụng như một công cụ quan trọng để điều tra và nghiên cứu sự truyền bệnh, sinh bệnh học, điều trị và vaccine chống lại SARS-CoV-2 .
Chandrashekar A, Liu J, Martinot AJ, et al. SARS-CoV-2 infection protects against rechallenge in rhesus macaques. Science. 2020 May. PubMed: https://pubmed.gov/32434946. Full-text: https://doi.org/10.1126/science.abc4776
Không có sự tái nhiễm ở loài khỉ. Sau khi vô hiệu hết virus từ lần nhiễm đầu, 9 con khỉ vàng đã được tái nhiễm lại vào ngày 35 với cùng một liều virus như lần gây nhiễm tiên phong. Rất ít RNA virus được tìm thấy ở dịch rửa phế quản ( BAL ) vào ngày 1 sau khi tái nhiễm lại, và không phát hiện được RNA virus ở những mốc thời hạn tiếp theo. Những tài liệu này cho thấy SARS-CoV-2 tạo ra năng lực miễn dịch bảo vệ chống lại tái nhiễm ở loài linh trưởng không phải người .
Halfman PJ, Hatta M, Chiba S, et al. Transmission of SARS-CoV-2 in Domestic Cats. NEJM May 13, 2020. Full-text: https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2013400
Ba con mèo được thuần hóa đã thua62ncho nhiễm SARS-CoV-2. Một ngày sau đó, một con mèo không bị bệnh được để sống chung với mỗi con mèo bị nhiễm bệnh. Tất cả sáu con mèo sau đó đều mắc bệnh và đã tăng trưởng những hiệu giá kháng thể nhưng không có bất kể triệu chứng nào. Mèo hoàn toàn có thể là một vật chủ trung gian không có triệu chứng .
Rockx B, Kuiken T, Herfst S, et al. Comparative pathogenesis of COVID-19, MERS, and SARS in a nonhuman primate model. Science 17 Apr 2020. Full text: https://science.sciencemag.org/content/early/2020/04/16/science.abb7314
Khỉ hoàn toàn có thể được sử dụng như một quy mô để thử nghiệm những tiến trình trị liệu. Virus được bài tiết từ mũi và họng trong những ca không có tín hiệu lâm sàng và được phát hiện ở những tế bào phổi loại I và II trong những tổn thương phế nang lan tỏa và trong những tế bào biểu mô của mũi, phế quản và niêm mạc phế quản. Các tổn thương ở phổi thường nặng hơn khi nhiễm SARS-CoV, trong khi lại nhẹ hơn khi nhiễm MERS-CoV, nơi virus được phát hiện hầu hết ở những tế bào phổi loại II .
Munster VJ, Feldmann F, Williamson BN, et al. Respiratory disease in rhesus macaques inoculated with SARS-CoV-2. Nature 2020. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2324-7
SARS-CoV-2 gây ra bệnh hô hấp ở 8 con khỉ vàng, lê dài 8-16 ngày. Tải lượng virus cao đã được phát hiện trong tăm bông phết mũi họng cũng như trong dịch rửa phế quản. Mô hình điều tra và nghiên cứu sử dụng khỉ vàng này đã mô phỏng COVID-19, tương quan đến sự nhân lên và phát tán của virus, sự Open thâm nhiễm phổi, tổn thương mô học và quy đổi huyết thanh .
Sia SF, Yan L, Chin AWH. et al. Pathogenesis and transmission of SARS-CoV-2 in golden hamsters. Nature 2020. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2342-5
Trong hầu hết những trường hợp, bạn không cần khỉ. Chuột hamster Golden Syria cũng hoàn toàn có thể có ích. SARS-CoV-2 lây truyền nhanh gọn từ chuột bị bệnh sang chuột lành bằng cách tiếp xúc trực tiếp và qua khí dung. Truyền qua vật trung gian trong lồng bẩn kém hiệu suất cao hơn. Hamster bị gây nhiễm và nhiễm tự nhiên có triệu chứng giảm cân rõ ràng, và tổng thể đã phục sinh cùng với sự Open của những kháng thể trung hòa .
Sit TH, Brackman CJ, Ip SM et al. Infection of dogs with SARS-CoV-2. Nature 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2334-5
Hai trong số mười lăm con chó ( một con chó Pomeranian và một con chó chăn cừu Đức ) từ những hộ mái ấm gia đình có người mắc COVID-19 được xác nhận nhiễm bệnh ở Hồng Kông. Cả hai con chó vẫn không có triệu chứng nhưng sau đó đã tăng trưởng đápn ứng kháng thể bằng cách sử dụng những xét nghiệm đo lượng kháng thể trung hòa qua năng lực làm giảm số plaque virus. Phân tích di truyền cho thấy những con chó bị nhiễm virus từ chủ của chúng. Hiện vẫn chưa rõ liệu những con chó bị nhiễm bệnh hoàn toàn có thể truyền virus cho những động vật hoang dã khác hoặc cho con người hay không .
Vaccine (Xem thêm trong phần Miễn dịch học)
Le TT, Andreadakis Z, Kumar A, et al. The COVID-19 vaccine development land- scape. Nature reviews drug discovery. 09 April 2020. Full-text: https://www.nature.com/articles/d41573-020-00073-5.
landscape. Nature reviews drug discovery. 09 April 2020. doi: 10.1038/d41573-020-00073-5. Full-text: https://www.nature.com/articles/d41573-020-00073-5
Bảng tóm tắt tổng quan từ tài liệu của bảy chuyên viên đã Kết luận : những nỗ lực lúc bấy giờ là chưa từng có về cả quy mô và vận tốc ; đồng thời đã có tín hiệu cho thấy vaccine hoàn toàn có thể được dùng trong hội đồng vào đầu năm 2021. Tính đến ngày 8 tháng 4 năm 2020, những chương trình thử nghiệm vaccine trên toàn thế giới đã có 115 ứng viên vaccine, trong đó 5 vaccine sáng giá nhất đã chuyển sang quá trình thử nghiệm lâm sàng, gồm có mRNA-1273 từ Moderna, Ad5-nCoV từ CanSino Biologics, INO-4800 từ Inovio, LV-SMENP-DC và mầm bệnh đặc hiệu aAPC từ Viện Y học Di truyền và Miễn dịch Thâm Quyến ( Shenzhen Genoimmune Medical Institute ). Cuộc đua vẫn đang diễn ra !
Callaway E. The race for coronavirus vaccines: a graphical guide, Eight ways in which scientists hope to provide immunity to SARS-CoV-2. Nature 2020, 28 April 2020. 580, 576-577. Full-text: https://doi.org/10.1038/d41586-020-01221-yla2mBa2i Bài đánh giá tổng hợp với hình ảnh minh hoạ tuyệt vời về sự phát triển vaccine ở thời điểm hiện tại. Thật dễ hiểu, nó giải thích các phương pháp tạo vaccine khác nhau như sử dụng virus, vector virus, axit nucleic và vaccine dựa trên protein.
Zhu FC, Li YH, Guan XH. Safety, tolerability, and immunogenicity of a recombinant adenovirus type-5 vectored COVID-19 vaccine: a dose-escalation, open-label, non-randomised, first-in-human trial. Lancet May 22, 2020. Full-text: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31208-3/fulltext
Thử nghiệm mở quy trình tiến độ I của một vaccine COVID-19 sử dụng vectơ Ad5 có mang gen bộc lộ toàn chuỗi glycoprotein gai. Tổng cộng 108 người trưởng thành khỏe mạnh từ 18 đến 60 tuổi ở Vũ Hán, Trung Quốc, đã được tiêm ba liều khác nhau. Kháng thể ELISA và kháng thể trung hòa tăng đáng kể và đạt đỉnh trong vòng 28 ngày sau khi tiêm. Phản ứng tế bào T đạt đỉnh vào ngày 14 sau tiêm chủng. Thời gian thu mẫu trên những người tình nguyện còn khá ngắn, nên những tác giả sẽ theo dõi những người đã tiêm vaccine trong tối thiểu 6 tháng tiếp theo, nhờ vậy sẽ thu được nhiều tài liệu hơn. Đáng chú ý quan tâm, những tính năng phụ xảy ra tương đối liên tục, gồm có đau ở những vị trí tiêm ( 54 % ), sốt ( 46 % ), stress ( 44 % ) và đau đầu ( 39 % ). Nghiên cứu quy trình tiến độ II đang được thực thi .
Sinh bệnh học (Xem thêm trong phần Miễn dịch học)
Blanco-Melo D, Nilsson-Payant BE, Liu WC, et al. Imbalanced Host Response to SARS-CoV-2 Drives Development of COVID-19. Cell May 15, 2020. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.026
Phân tích sâu xa đáng ngưỡng mộ về phản ứng của vật chủ với SARS-CoV-2 và những virus đường hô hấp khác của người trong những dòng tế bào, nuôi cấy tế bào chưa biệt hóa, ở chồn sương và bệnh nhân COVID-19. Dữ liệu liên tục cho thấy một phản ứng viêm đặc biệt quan trọng và không bình thường với SARS-CoV-2 khi có sự mất cân đối giữa việc trấn áp sự nhân lên của virus với việc kích hoạt phản ứng miễn dịch thích nghi. Điểm đặc trưng của sự mất cân đối này là nồng độ interferon loại I và III thấp cùng với sự tăng những chemokine và sự biểu lộ cao của IL-6. Các tác giả yêu cầu rằng, sự giảm năng lực miễn dịch bẩm sinh chống virus cùng với việc sản xuất cytokine gây viêm quá mức cần thiết là những đặc thù đặc trưng và chủ yếu của COVID-19. Với đặc thù này, những giải pháp điều trị COVID-19 ít tương quan đến phản ứng IFN mà tương quan nhiều hơn đến trấn áp thực trạng viêm .
Bordoni V, Sacchi A, Cimini E. An inflammatory profile correlates with decreased frequency of cytotoxic cells in COVID-19. Clinical Infectious Diseases 2020, May 15. Full-text: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa577
Sự ngày càng tăng của những chất trung gian gây viêm có đối sánh tương quan với việc giảm công dụng kháng virus độc tế bào bẩm sinh và thích nghi. Các tác giả đã tìm thấy số lượng tế bào NK có chứa perforin thấp hơn ở 7 bệnh nhân thuộc đơn vị chức năng chăm nom đặc biệt quan trọng ( ICU ) so với 41 bệnh nhân không cần chăm nom đặc biệt quan trọng, cho thấy sự suy yếu của miễn dịch độc tế bào là một chính sách gây bệnh .
Grifoni A, Weiskopf D, Ramirez SI, et al. Targets of T cell responses to SARS-CoV-2 coronavirus in humans with COVID-19 disease and unexposed individuals. Cell 2020. Full-text: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.015
Phản ứng tế bào là một lỗ hổng kiến thức lớn. Nghiên cứu quan trọng này đã xác lập những tế bào T CD8 và CD4 tuần hoàn trong máu đặc hiệu với SARS-CoV-2 chiếm 70-100 % trong 20 bệnh nhân điều trị COVID-19. Phản ứng của tế bào T CD4 so với protein gai là rất can đảm và mạnh mẽ và đối sánh tương quan với hiệu giá IgG. Đáng chú ý quan tâm, những tác giả đã phát hiện những tế bào T CD4 nhận diện được SARS-CoV-2 ở 40-60 % số người không phơi nhiễm, cho thấy sự sống sót của tế bào T hoàn toàn có thể nhận diện chéo những virus corona lưu hành theo mùa và SARS-CoV-2 .
Li H, Liu L, Zhang D, et al. SARS-CoV-2 and viral sepsis: observations and hypotheses. Lancet. 2020 May 9;395(10235):1517-1520. PubMed: https://pubmed.gov/32311318. Full-text: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30920-X
Đánh giá ngắn gọn nhưng rất hay và 1 số ít giả thuyết về sinh bệnh học SARS-CoV-2. Điều gì xảy ra trong tuần thứ hai khi những đại thực bào tại phổi khởi đầu những phản ứng viêm để vô hiệu virus sau khi nhiễm SARS-CoV-2 và khi cả hai loại miễn dịch bẩm sinh và thích nghi đều không hiệu suất cao trong việc hạn chế sự nhân lên của virus nhằm mục đích giúp bệnh nhân nhanh gọn phục sinh ?
Shen B, Yi X, Sun Y, et al. Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera. Cell May 27, 2020. Full-text: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420306279
Những hiểu biết phân tử về chính sách bệnh sinh của SARS-CoV-2. Các tác giả đã vận dụng những công nghệ tiên tiến proteomic và metabolomic để nghiên cứu và phân tích proteome và metabolome từ huyết thanh của bệnh nhân COVID-19 và 1 số ít nhóm đối chứng. Phân tích những đường truyền tín hiệuvà sự tăng bộc lộ không bình thường của mạng lưới 93 protein cho thấy 50 trong số những protein này thuộc ba con đường chính, đó là kích hoạt mạng lưới hệ thống bổ trợ, công dụng đại thực bào và thoái hóa tiểu cầu. Có 80 chất chuyển hóa biến hóa đáng kể cũng tham gia vào ba quy trình sinh học được bật mý trong nghiên cứu và phân tích proteomic này .
Tay MZ, Poh CM, Rénia L et al. The trinity of COVID-19: immunity, inflammation and intervention. Nat Rev Immunol (2020). Full-text: https://www.nature.com/articles/s41577-020-0311-8
Tổng quan tuyệt hay về sinh lý bệnh của sự lây nhiễm SARS-CoV-2. Làm thế nào SARS-CoV-2 tương tác với mạng lưới hệ thống miễn dịch, làm thế nào những phản ứng miễn dịch bị rối loạn góp thêm phần vào sự tiến triển của bệnh và cách điều trị .
Vabret N, Britton GJ, Gruber C, et al. Immunology of COVID-19: current state of the science. Immunity 2020, May 05. Full-text: https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(20)30183-7
Đánh giá hay về kiến thức hiện tại về những phản ứng miễn dịch bẩm sinh và thích nghi gây ra do sự lây nhiễm SARS-CoV-2 và những con đường miễn dịch có năng lực góp thêm phần vào mức độ nghiêm trọng của bệnh và tử trận .
Các tài liệu khác
Monto AS, DeJonge P, Callear AP, et al. Coronavirus occurrence and transmission over 8 years in the HIVE cohort of households in Michigan. J Infect Dis. 2020 Apr 4. pii: 5815743. PubMed: https://pubmed.gov/32246136. Full-text: https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa161
Một điều không rõ ràng rằng liệu SARS-CoV-2 có hoạt động như các virus Corona gây bệnh trên người khác (hCoVs) hay không. Một nghiên cứu đoàn hệ tiến cứu trên trẻ em và hộ gia đình từ Michigan đã phát hiện ra rằng nhiễm hCoV phụ thuộc rõ rệt vào mùa, cho thấy đỉnh điểm của các loại HCoV khác nhau (229E, HKU1, NL63, OC43) vào tháng Hai hàng năm. Trong hơn 8 năm, hầu như không có trường hợp nhiễm HCoV nào xảy ra sau tháng Ba.
Thao TTN, Labroussaa F, Ebert N, et al. Rapid reconstruction of SARS-CoV-2 using a synthetic genomics platform. Nature. 2020 May 4. PubMed: https://pubmed.gov/32365353. Full-text: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2294-9
Một văn minh kỹ thuật quan trọng, được cho phép nhanh gọn tạo ra và xác lập những đặc tính công dụng của những dạng virus RNA không ngừng tiến hóa này. Các tác giả cho thấy năng lực vận dụng tảng gen tổng hợp dựa trên nấm men để tái tạo những virus RNA khác nhau ( rất khó để nhân bản và thao tác do size và sự không không thay đổi ). Họ đã hoàn toàn có thể phong cách thiết kế và hồi sinh những bản sao tổng hợp hóa học của SARS-CoV-2 chỉ một tuần sau khi nhận được những đoạn DNA tổng hợp .
